Com a degradação de matéria orgânica, em um biodigestor, obtemos um produto de alta concentração de nutrientes para os vegetais, que é utilizado como adubo/fertilizante.
O verdadeiro valor de um biodigestor está no adubo produzido pelo mesmo, o qual é conhecido como Biofertilizante, e no saneamento que ele proporciona. Após as diversas fases da Biodigestão, o produto resultante é um líquido escuro, em virtude da presença do Húmus, a que denominamos Biofertilizante puro, o qual pode ser usado em qualquer solo, como adubo de origem orgânica de alta qualidade, ou como corretivo de acidez, de vida bacteriana e de textura.

O Biofertilizante puro apresenta uma concentração de nutrientes relativamente alta, e apesar disso, pode ser utilizado diretamente no solo. É um grande auxiliar quando utilizado como aditivo na preparação de soluções nutritivas. Uma vez diluído, constitui um grande adubo foliar, e nesta forma, é geralmente conhecido como Biofertilizante Diluído. As vantagens na utilização do biofertilizante são enormes, não só pelo seu custo muito baixo, mas também pelos resultados na produtividade agrícola. No entanto, pode eventualmente não ser o adubo mais adequado para todas as culturas.

Além disso, sua composição pode variar muito, dependendo da matéria orgânica utilizada para alimentar o Biodigestor que o produz. Desta forma, para se obter uma linearidade na composição do biofertilizante, é aconselhável que também se mantenha uma linearidade no tipo, qualidade e composição da Matéria Orgânica básica utilizada na sua preparação. A utilização correta de um biofertilizante, é a chave principal para atingirmos os melhores índices de produtividade agrícola, e para tanto, existem algumas regras que devem ser observadas:

1 – Periodicamente, análises físico-químicas do biofertilizante, para determinar quais os teores dos elementos químicos componentes do mesmo, e sua solubilidade total ou parcial na água.

2 - Análise físico-química do solo onde se pretende cultivar determinado vegetal, para determinar o teor e os componentes químicos desse solo, e seu grau de solubilidade.

3 - Saber por literatura especializada ou por análise, quais os teores e os componentes do vegetal a ser cultivado.

Com os dados enumerados nos itens acima, faz-se então a correção da composição química do biofertilizante, por adição de nutrientes solúveis, operação esta denominada como Mineralização do Biofertilizante. O processo de mineralização poderá não ser uma operação fácil para muitos agricultores, e é aconselhável àqueles que sentirem dificuldades para tanto, servirem-se de uma assessoria adequada.